В 2005 году губернатор Ростовской области Владимир Чуб подписал указ о возрождении футбола в Ростовской области и потребовал у мэров крупных городов восстановить футбольные команды.
ФК «Таганрог» был образован 2 февраля 2006 года. Мэр города и по совместительству президент ФК «Таганрог» Николай Федянин отправил запрос в ПФЛ о включении ФК «Таганрог» в эту организацию, что давало право на участие во второй профессиональной лиге России. Согласие было получено, и в феврале 2006 года ФК «Таганрог» официально стал членом ПФЛ.
Первый матч в истории состоялся 9 апреля 2006 года в Краснодаре, где ФК «Таганрог» противостоял «Краснодар-2000». Игра завершилась победой таганрожцев 4:1. Место главного тренера клуба по ходу сезона занял Павел Гусев, который сменил Анатолия Булгакова, ушедшего из-за проблем со здоровьем. Сезон 2006 года ФК «Таганрог» завершил на 14-м месте.
1 июля 2015 заместитель главы администрации города Таганрога и президент ФК «Таганрог» Александр Забежайло объявил, что клуб, финансировавшийся только из областного и городского бюджетов, в связи с непростой экономической ситуацией в сезоне 2015/16 участия не примет.
Достижения
• Лучший результат: 6 место в сезоне 2012\2013.
• Худший результат: 18 место в 2009.
• Рекордсмен результативности за сезон: Георгий Смуров (14 забитых мячей в 2007).
• Рекордсмен результативности за игру: Георгий Смуров (3 мяча в матче «Таганрог» — «Ротор» Волгоград — 17 июня 2007).
• Самые крупные победы: 4-0 («Текстильщик» (Камышин) — 29 октября 2006 и 16 сентября 2007).
• Самое крупное поражение: 0-7 («Жемчужина-Сочи» — 11 апреля 2009).
• Самые крупные победы на выезде: 3-0 («Волгарь-Астрахань» — 6 мая 2013)
• Самые крупные домашние поражения: 0-4 («Волгоград» — 12 июня 2009), 1-5 («Торпедо» (Армавир) — 11 июля 2009).
• Самые результативные игры: 1-6 («Спартак-УГП» (Анапа) — 10 октября 2006) и 0-7 («Жемчужина-Сочи» — 11 апреля 2009).
